„CIA“ handelt – ein Standardmotiv im Krimigenre – von zwei komplett unterschiedlichen Partnern. Ein ohne Punkt und Komma sprechender, Recht und Gesetz nicht allzu ernst nehmender CIA-Agent (Tom Ellis) und ein cleverer, erfahrener FBI-Kollege, der sich stets an die Vorschriften hält, müssen sich zusammenraufen und von einem CIA-Quartier in New York City aus Fälle lösen, die eine Bedrohung für die USA darstellen. Schnell merken sie, dass ihre Gegensätzlichkeit ihre große Stärke sein könnte.