Als indirekter Nachfolger zu „SOKO Kitzbühel“ ermittelt ein neues Team in der oberösterreichischen Hauptstadt Linz. Chefinspektorin Johanna „Joe“ Haizinger verfügt über eine langjährige Erfahrung, mit ihrer resoluten Art eckt sie aber auch gerne mal im Team an. Ihr Kollege Ben Halberg treibt die Ermittlungen mit psychologischem Geschick voran. Nele Oldendorf ist in Berlin geboren und hat es mit viel Ehrgeiz bereits weit gebracht. Die Teamführung stellt die junge Chefin allerdings immer wieder vor Herausforderungen. Aleks Malenov kümmert sich als gute Seele der „SOKO“ um alle Recherchearbeiten, doch der Sunnyboy ist neben seinem Job vor allem mit der Pflege seiner Schwester beschäftigt. Gerichtsmediziner Dr. Richie Vitek muss immer wieder als Therapeut wider Willen herhalten, wenn es Reibereien im Team gibt. Facility-Managerin Yara Nejem versteht sich als heimliche Chefin der grenznahen Einheit im Dreiländereck Deutschland, Österreich und Tschechien.